تحول نهر النيل بالمنيا ، إلى مرتع للنفايات والمخلفات والحيوانات النافقة وصرف المصانع ، كمصنع الهدرجة على سبيل المثال ، والمنازل والبيوت المُقامة على ضفاف النيل بقرى ومراكز المحافظة ، فضلًا عن مخلفات صرف السفن والفنادق العائمة ، وكل هذا يؤدي بدوره إلى انتشار حالات التسمم المائي ونفوق الآلاف من أسماك النيل .
وأشتكى عدد من المواطنين من انتشار العديد من الأمراض الخطيرة والمزمنة والتي تودي بحياة الإنسان نظرًا لما تحمله مياه الشرب في المحافظة من أوبئة وفيروسات وبكتيريا ضارة بسبب تلوث النيل .
وأفاد أحمد البدري، باحث وحاصل على ماجستير النبات بكلية العلوم أن نفايات المصانع إذا كانت من المعادن الثقيلة، فإن ذلك يضاعف من أضرارها، ويقلل من القدرة على التنقية الذاتية للماء. 
وتابع قائلًا بالإضافة إلى أن تسرب مياه الصرف الصحي للنيل عن طريق المصارف والقنوات الموجودة فى باطن الأرض والتي تنقل آلاف البكتيريا والطفيليات كالبلهارسيا وديدان الإسكارس، والشيجيلا وفبرو كوليرا التي تسبب الكوليرا وغيرها التي تؤدي إلى تسمم الإنسان أو إصابته، وهي ما تسمى بالملوثات البيولوجية للمياه، وأشار إلى أن الدراسات تفيد أن 75% من المبيدات الحشرية المستعملة في زراعة الأراضي في مصر تتسرب إلى مياه النيل وما زالت مصر تستورد 55 ألف طن مبيدات سنويًا   .