تنفذ القوات البحرية بالتعاون مع الأفرع الرئيسية للقوات المسلحة منظومة عمل متكاملة لمجابهة التهديدات والتحديات النمطية وغير النمطية التى تستهدف الأمن القومى المصرى على كافة الإتجاهات الإستراتيجية .

حيث تقوم وحدات القوات البحرية بدور حيوى على مدار الساعة بتأمين الأهداف الإستراتيجية بالبحر وحماية الموانئ والسواحل المصرية ، بجانب دورها فى مكافحة الإرهاب وقطع خطوط الإمداد اللوجستية والتسلل والتهريب عبر البحر ، والقيام بمواجهة قوية حاسمة ضد أى عمل إرهابى فى نطاق مسئوليتها .

وأدى التواجد المستمر والفعال لأبطال ومقاتلى القوات البحرية بالبحر إلى مجابهة تنامى أنشطة التهريب وأعمال الهجرة غير الشرعية على المستوى الإقليمى خاصة فى ظل الظروف الراهنة ، والمعاونة بأعمال البحث والإنقاذ وتقديم المعاونة بالإنقاذ للسفن ، والإشتراك فى أعمال التأمين وضمان حرية الملاحة البحرية الدولية على الحدود الساحلية .

وقد شهدت القوات البحرية طفرة هائلة فى برامج التسليح والمنظومات الفنية والإدارية وفقاً لرؤى خلاقة تتناسب مع تطور الفكر الإستراتيجى للقوات المسلحة وإمتلاك قوة بحرية فاعلة ومؤثرة فى محيطها الإقليمى بما يخدم المصالح العليا للدولة المصرية ، وتأمين وحماية الإكتشافات الحالية لمصادر الطاقة بالمنطقة الإقتصادية الخالصة ، والحفاظ على مقدرات الشعب المصرى وثروات وتطلعات وآمال الأجيال القادمة نحو حياة أفضل .